Pruebas biogeográficas.

LA fauna y la flora de dos regiones son más parecidas cuando más cercanas están. Esta relación no tendría por qué cumplirse si cada especie se hubiera creado de forma aislada. En cambio, se explica si las especies están relacionadas. Tendrán antepasados comunes y serán parecidas las especies de zonas próximas.
Las faunas de América del Sur y de África son diferntes, aunque están relacionadas. Por ejemplo, existen monos en ambos continentes. Se debe a que estos se separaron hace millones de años, por lo que las faunas actuales han evolucionado a partir de esos antepasados comunes.
En cambio, Austria tiene una fauna radicalmente diferente; se debe a que se separó mucho antes,  por lo que los antepasados comunes con Sudamérica y África son muy lejanos.

Pruebas moleculares.

Se basan en la suposición de que las mutaciones (camios de genes) suceden  a un ritmo constante. Contando las diferencias en los genes entre dos grupos o especies podemos averiguar su parentesco, y el momento de separación.
Un ejemplo es que de los aproximadamente 30.000 genes del ratón, 29.700 también están en el ser humano. Este 99 % común es una prueba aplastante de que somos ramas de un mismo árbol.

Pruebas paleontológicas.

Hasta el momento se han clasificado aproximadamente unos 300.000 fósiles diferentes pero no sabemos cuantas especies habrán poblado la Tierra en el pasado.
Algunos paleontólogos han aventurado el número de 2000 millones por lo que solo conoceríamos a una de cada 7000 especies que han existido. Sin embargo, esta pequeña muestra es suficiente para plantear un gran árbol de cómo ha evolucionado la bioesfera.