Se basan en la suposición de que las mutaciones (camios de genes) suceden a un ritmo constante. Contando las diferencias en los genes entre dos grupos o especies podemos averiguar su parentesco, y el momento de separación.
Un ejemplo es que de los aproximadamente 30.000 genes del ratón, 29.700 también están en el ser humano. Este 99 % común es una prueba aplastante de que somos ramas de un mismo árbol.
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